生物工程是生命科学与工程科学相互渗透融合的一门交叉学科，本专业培养适应现代生物制品工业生产与发展需要的应用研究型高级工程技术人才。经过多年的发展以及相关高级人才的引进，本专业在发酵工程、微生物选育、植物细胞与组织培养技术等方面形成了自己的优势和特色。

　　生物工程专业于2002年招生，现有在校本科生250余人，已培养本科毕业生120余人。现有在职教师8人，其中，副教授2人、讲师6人，具有博士学位教师4人，具有硕士学位教师4人，在职博士3人。本专业非常注重与企业和兄弟院校的交流与合作，共聘任兼职或客座教授7人（四川大学客座教授2人，四川沱牌曲酒、新希望集团、绵阳师范学院客座教授各1人，西南民族大学、北京汇源果汁兼职教授各1人）。

　　生物工程系主要承担本专业本科生的基础课和专业课的课程教学以及相关的专业建设工作。主要承担的课程有：普通生物学、微生物学、生物化学、分子生物学、发酵工程、基因工程、蛋白质与酶工程、生化分离工程、生物制药技术、工业微生物学、植物细胞与组织培养、生物信息学等40多门课程。

　　我系教师先后主持或主研了国家自然科学基金项目、国家“八五”、“九五”、“十五”科技攻关项目和四川省杰出青年基金等省部级科研项目10余项；公开发表学术论文40余篇，国际三大检索系统SCI收录10篇、EI收录4篇、ISTP收录1篇，受理国家发明专利2项，公开出版教材有《生物化学实验》，出版专著3部。拥有实时定量PCR和梯度PCR仪、全自动玻璃发酵罐、AKTA蛋白核酸分离纯化系统、毛细管电泳仪、液质联用等大型精密仪器，拥有四川省基础化学试验示范中心和微生物学、分子生物学、发酵工程与工艺、植物细胞与组织培养等专业实验室作为本科教学和科研的有力支撑。

　 生物工程系目前主要的科研方向有：
      （1）食品与发酵工程
      （2）植物基因工程
      （3）生物环境治理
      （4）生物资源的综合利用